孔氏的起源可以上溯到歷史傳說(shuō)時(shí)期。遠(yuǎn)古皇帝時(shí)代已經(jīng)有孔姓，因當(dāng)時(shí)有個(gè)史官，叫孔甲，曾經(jīng)作《盤(pán)盂》一書(shū)，但是因?yàn)榭准字鬀](méi)有孔姓世系資料，所以一般認(rèn)為孔姓源于子姓，而源于子姓之孔又有三種說(shuō)法：
第一、 根據(jù)宋代的《廣韻》記載，契是商族的始祖，為子姓，歷經(jīng)十四代，傳到成湯，滅下桀，建都于亳。成湯是一個(gè)圣明的君主，其子孫中有一支以商族的姓"子"以他字中的"乙"組合起來(lái)定為姓氏就是孔氏。
第二、 據(jù)唐人林寶《元和姓篡》所說(shuō)，西周初期，由殷縐王的哥哥微子啟建立的宋國(guó)，為子姓。微子啟死后，其弟衍繼位。其曾孫的玄孫正考父，是宋國(guó)上卿。其子名嘉，字孔父，史稱孔父嘉。春秋時(shí)期孔父嘉的后代，以孔為氏，就形成了這支孔氏。
第三、 另?yè)?jù)《姓考》等書(shū)的記載，春秋時(shí)期鄭國(guó)（今河南新鄭）有出自姬姓的孔氏，衛(wèi)國(guó)（今河南滑縣東）有出自古佶姓的孔氏，陳國(guó)（今河南淮陽(yáng)）有出自媯姓的孔氏。
第四、 以人名為姓。是鄭穆公的后代。鄭穆公，其后人有孔張，他的支庶子孫亦為孔氏，此為出自姬姓的孔氏別支。見(jiàn)《左傳》。
孔子的先世出自王家。商紂王的哥哥、殷末“三仁”（即箕子、微子、比干）之一微子啟，即其遠(yuǎn)祖。西周初年，微子受封于宋，都于商丘。五傳至于弗父何，禮讓其國(guó)于其弟宋厲公，自為宋國(guó)大夫（《孔子家語(yǔ)》），弗父何即孔子十世祖。從此，厲公一系世掌宋國(guó)君權(quán)，維系著并不出色的世襲統(tǒng)治；弗父何一系則成為宋國(guó)輔政公族，保持著宋國(guó)高水平的文化素養(yǎng)。再三傳為正考父。正考父知書(shū)識(shí)禮，以謙謙君子知名后世。他熟悉商代文獻(xiàn)，曾校“商之名頌”于周太史氏。他受君委命，一命而俯，再命而樓背，三命而籌折，鞠躬如也。他連走路也靠墻循邊，不爭(zhēng)于人。然而至其子孔父嘉時(shí)，情況則大為惡化。嘉作來(lái)較公大司馬，窮兵黷武，“十年而十一戰(zhàn)”，民怨沸騰。可巧政敵太宰看上他年輕美貌的妻子，與之相遇于途，“目逆而送之，曰：美麗艷”（《左傳》桓公二年）。太宰督假公濟(jì)私，利用國(guó)人的不滿情緒，捍然發(fā)動(dòng)政變，殺孔父嘉。鼓公出面干涉，被就。太宰督納其妻而逐其子，孔子祖先結(jié)束世為大夫的貴族生涯，一落千丈，淪為平民。孔父嘉之子木金父逃難于魯，卜居于曲阜東昌平鄉(xiāng)之販邑。子孫襲姓孔氏，遂為魯人。心有余悸的孔氏子孫，隱姓埋名，一連四世皆不顯，一直到孔子父親叔梁紇，才稍有事跡見(jiàn)載于史冊(cè)。
叔梁紇是個(gè)武士。叔梁乃字，紇是其名，稱“叔梁紇”是尊稱。長(zhǎng)于吸邑，又稱瞰叔紇。叔梁紇腰圓體壯，雷力過(guò)人。嘗為大夫孟獻(xiàn)子武士，頗以勇武聞名于時(shí)。《左傳》襄公十年載：公元前563年，叔梁紇隨諸侯軍討伐伯陽(yáng)。伯陽(yáng)雖是個(gè)附庸小國(guó)，卻長(zhǎng)于詭計(jì)。當(dāng)諸侯軍兵臨城下四面楚歌之時(shí)，伯陽(yáng)人大開(kāi)城門(mén)，妄稱受降。諸侯軍不知其詐，狠然爭(zhēng)入，軍人方半，伯陽(yáng)人猛然放下高懸的城門(mén)，諸侯軍有被攔腰截?cái)啵鱾€(gè)殲滅的危險(xiǎn)。叔梁紇見(jiàn)勢(shì)不妙，雙手托住千斤城門(mén)，呼令諸侯軍迅速撤出，避免了一場(chǎng)重大災(zāi)難。七年后，叔梁紇與大夫臧孫紀(jì)同守防邑，被齊軍團(tuán)團(tuán)圍困，眾寡懸殊，動(dòng)彈不得。一天夜里，叔梁紇偵察好敵情，挑選精壯三百，披堅(jiān)執(zhí)銳，乘間突圍。將臧孫給送出重圍，然后又神不知鬼不覺(jué)地重返防邑堅(jiān)守。一往一來(lái)，如入無(wú)人之境（《左傳》襄公十七年）。由于他有謀有勇，遂以武功知名諸侯。后升為吸邑大夫。孔氏子孫終于向久違了的貴族集團(tuán)邁進(jìn)了一大步。
叔梁紇先娶施氏，連生9子，都是千金；再娶一妾，生子孟皮，又破其腳。叔梁紇為使先人香火有后，以便重振家業(yè)。于是，在60余歲的翩翩老矣之年，還向顏氏求婚。顏氏是曲阜大族，家有三女，大女二女都不愿意嫁給這位盡管是英雄的老人，但三女徵在卻慨然允婚，并很快有了身孕。十月大期，產(chǎn)下一男，便是孔子。孔子生時(shí)頭頂內(nèi)凹（圩頂），有似阿丘，故名孔丘；生前父母曾禱于尼山，因字仲尼。關(guān)于孔子出生，還有一個(gè)公案。《史記》說(shuō)：“紇與徵在野合而生孔子。”野合，《史記》三家注，說(shuō)是紇年長(zhǎng)，徵在少，不合“壯室初等”之禮，非禮曰野，故曰“野合”。